Quinto rey de la Dinastía VI, hijo de Pepy I y Anjnesmerire la Joven. Tras la prematura muerte de su hermanastro Merenre, Pepy llegó al trono a una muy corta edad y, según las fuentes antiguas, gobernó durante 94 años. Al principio su madre actuó como regente, junto con su tío Dyau. Una carta del joven rey, conservada en las inscripciones murales de la tumba de Herjuf, gobernador de Asuán, nos muestra su emoción por un pigmeo que Herjuf le traía desde Sudán. Gracias a ella podemos deducir que Egipto actuaba en el sur en esos momentos. Sin embargo, con el paso del tiempo el comercio con Nubia se hizo cada vez más dificultoso y varios jefes de expedición fueron asesinados por tribus hostiles.
El Imperio Antiguo comenzó a declinar durante el reinado de Pepy II, pero sólo tras su muerte y debido a los enfrentamientos por el trono esta situación se convirtió en un hecho. Fue enterrado en Saqqara, al igual que su padre. Una gran parte de la decoración de su tumba fue copiada de la de Sahure (Dinastía V) en Abu Sir. Su hermanastra Neith parece haber sido la madre de su sucesor.