Tan pronto como se produjo la unificación del Alto Egipto y del Bajo Egipto, las ciudades se rodearon de un muro protector; asentamientos de miles de personas se conocen desde tiempos prehistóricos. Estas primitivas ciudades solían tener un claro sistema de calles interconectadas, que se puede detectar a lo largo de los siglos. Normalmente, el templo se situaba en medio de la ciudad y regía toda la organización de ésta. Después de todo, los caminos procesionales del templo, como el templo mismo, eran zonas prohibidas, por lo que las áreas que lo rodeaban se convirtieron en barrios independientes. A menudo, personas de varias clases sociales o, como en Alejandría, de diferentes paises, vivían en barrios diferentes, y las casas eran reflejo del status social de sus habitantes. Además de los pequeños cobertizos, existían también grandes villas con jardines y casas con varios pisos. Es falso que este tipo de vivienda fuese resultado de la falta de espacio en las ciudades, ya que se han encontrado otras similares en zonas más espaciosas de pequeñas ciudades. Algunas veces las calles de las ciudades fueron reforzadas e incluso en ocasiones se han encontrado sistemas de drenaje. Muchas ciudades fueron importantes a lo largo de la historia egipcia, como Elkab y Buto (capitales predinásticas del Alto Egipto y del Bajo Egipto, respectivamente) o Memphis (capital de Egipto en el periodo Dinástico). Otras adquirieron importancia repentinamente, después de haber sido aldeas durante siglos ( por ejemplo, Tebas a partir de la Dinastía XI) o se fundaron en cierto momento de la historia (por ejemplo, Ajetatón en el periodo de Amarna, Pi-Ramsés a principios del periodo Ramésida o Alejandría en la Época Ptolemaica). La fundación de algunas pequeñas comunidades, generalmente aldeas de obreros, pudo deberse a razones específicas de un determinado rey, así Uadi el-Hudi, durante el Imperio Antiguo; Kahum, con Sesostris II; y Deir el-Medinah, a principios de la Dinastía XVIII. Se han destruido grandes zonas de ciudades conocidas desde la Antigüedad, debido a trabajos de construcción posteriores, y no sólo en épocas recientes, sino también en épocas más antiguas debido a la céntrica situación del templo, que no dejó de expansionarse.