Das Ägyptische Museum, das zweit(wichtigste) in Italien gleich nach dem berühmten Ägyptischen Museum von Turin, ist im Palazzo des Archäologischen Museums untergebracht. Eine erste Gruppe ägyptischer Altertümer war in Florenz bereits im 18. Jahrhundert in den Sammlungen der Medici vorhanden, doch im Laufe des 19. Jahrhunderts wurde sie beträchtlich erweitert. Sehr verdient machte sich diesbezüglich der Großherzog der Toskana, Leopold II., der neben dem Erwerb einiger Sammlungen gemeinsam mit Karl X., dem König von Frankreich, eine wissenschaftliche Expedition nach Ägypten in den Jahren 1828 und 1829 finanzierte. Die Expedition wurde geleitet von Jean François Champollion, dem Entzifferer der Hieroglyphen, und von dem aus Pisa stammenden Ippolito Rosellini, welcher der Vater der italienischen Ägyptologie werden würde, ein Freund und Schüler Champollions. Die zahlreichen während der Reise durch die Durchführung archäologischer Ausgrabungen oder durch den Erwerb von Fundstücken bei Händlern vor Ort gesammelten Objekte wurden bei der Rückkehr gerecht zwischen dem Pariser Louvre und Florenz aufgeteilt.
Im Jahre 1855 wurde das Ägyptische Museum Florenz formell gegründet, 1880 wurde der aus dem Piemont stammende Ägyptologe Ernesto Schiaparelli, der künftige Direktor des Ägyptischen Museums Turin, damit beauftragt, die ägyptischen Altertümer in das gegenwärtige, gemeinsam mit dem Archäologischen Museum genutzte Gebäude zu überführen und neu zu ordnen. Mit Schiaparelli erfuhren die Florentiner Sammlungen eine erneute bemerkenswerte Erweiterung dank seiner Ausgrabungen und Erwerbungen, die er vor seiner Übersiedlung nach Turin in Ägypten tätigte. Die letzte Gruppe von Sammlungen, die in das Ägyptische Museum Florenz gelangte, besteht aus Schenkungen von Privatpersonen und wissenschaftlichen Einrichtungen; insbesondere sind die vom Florentiner Papyrologischen Institut geschenkten Fundstücke zu erwähnen, die aus den Grabungen in Ägypten zwischen 1934 und 1939 stammen. Unter diesen Stücken befindet sich die Sammlung koptischer Stoffe, die zu den reichhaltigsten und wichtigsten der Welt gehört.
Gegenwärtig zählt das Ägyptische Museum Florenz über 14 000 Stücke, die auf neun (Ausstellungs)räume und zwei Magazine verteilt sind. Die Räume, die die Objekte beherbergen, sind großteils renoviert: anstatt der alten, von Schiaparelli erdachten Aufteilung befindet sich die neue Aufstellung, die chronologisch und - soweit möglich - topographisch geordnet ist. Die Kollektion umfaßt Material, das von der Vorgeschichte bis in die koptische Zeit reicht, mit bemerkenswerten Sammlungen an Stelen, Vasen, Uschebti-Figuren, Amuletten und Bronzen aus verschiedenen Epochen. Unter den zahlreichen wichtigen und interessanten Objekten sind einige Statuen aus der Zeit Amenophis III., des bedeutendsten Herrschers der 18. Dynastie, der Pfeiler aus dem Grab Sethos I., der Fayencekelch mit der quadratischen Mündung, die Ausstattung der Amme einer Tochter des Pharaos Taharqa, das Porträt einer Frau aus dem Fayum, die Sammlung von Stoffen aus koptischer Zeit sowie eine wichtige Sammlung von Gipsabdrücken vom Ende des 19. Jahrhunderts zu empfehlen.